João de Deus é diplomado em Professores do Ensino Básico, na Variante de Educação Física, pela Escola Superior de Educação (ESE/IPS).

Nasceu em Setúbal e entrou muito cedo no mundo do futebol. Deu os primeiros pontapés no clube setubalense ”Os Pelezinhos”, que se dedica à formação de jovens.

Profissionalizou-se no Vitória Futebol Clube e mais tarde jogou no Desportivo de Beja, Seixal FC, GD Estoril Praia, Lusitano Évora GC, FC Barreirense e regressou em 2004 ao clube de origem para terminar a carreira de jogador.

Formou-se em Professores do Ensino Básico em 2001 e tornou-se preparador físico do VFC, liderada por José Rachão que venceu a Taça de Portugal em 2005.

Em 2008 foi selecionador Nacional de Cabo Verde, até 2010, e prosseguiu a sua carreira como treinador em equipas em Portugal, Espanha, India, Chipre e Arábia Saudita.

Neste último ano, como treinador adjunto de Jorge Jesus, conquistou vários troféus no Clube de Regatas do Flamengo, Brasil, e encontra-se atualmente no Sport Lisboa e Benfica.